法定申告期限内に同じ人から確定申告書が２度以上提出された場合には、法定申告期限内にその人からの特段の申出がない限り、その２度以上の申告書のうち最後に提出された申告書を、その人の申告書として取り扱うことになっています。したがって、法定申告期限までなら、正しい計算に基づいて作成した新たな確定申告書を、提出することができます。還付申告の場合はこの取り扱いができない場合がありますので税理士に一度ご相談ください。

税金を納めすぎた場合は、「更正の請求」を行うことになります。これは基本、申告期限から５年以内になりますので早めに行ってください。納める税金が少なすぎた場合は「修正申告」となります。

修正申告を行ったり、税務署から申告税額の更正を受けたりすると、新たに納める税金のほかに過少申告加算税がかかります。
この過少申告加算税の金額は、新たに納めることになった税金の10％相当額です。ただし、新たに納める税金が当初の申告納税額と50万円とのいずれか多い金額を超えている場合、その超えている部分については15％になります。また、これ以外に延滞税がかかります。

税務署の調査を受ける前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません。ただし、平成29年１月１日以後に法定申告期限が到来するものについては、調査の事前通知の後にした場合は、50万円までは5％、50万円を超える部分は10％の割合を乗じた金額の過少申告加算税がかかります。また、これ以外に延滞税もかかります。